За 45 лет деятельности музея накоплены коллекции по фауне и экологии сибирского региона, Дальнего Востока и шести континентов мира. Уникальные чучела животных созданы художниками-таксидермистами в мастерской музея. Музей возглавляет научно-методический совет вузовских музеев Кузбасса, входит в Ассоциацию естественно-исторических музеев России, Ассоциацию музеев евразийских университетов, Совет исторических и краеведческих музеев Сибири, Межрегиональную сибирскую ассоциацию исследователей первобытного искусства. Его деятельность отмечена золотыми и серебряными медалями международных выставок.
Важной составляющей работы музея является его научная деятельность. Сотрудниками осуществляются систематизация и классификация музейных предметов. Выпущен каталог коллекций музея КемГУ в печатном и электронном вариантах. Создан и работает сайт музея, где представлены материалы научного архива и фондов. И что очень важно, сегодня материалы коллекций музея можно увидеть в государственном электронном каталоге Музейного фонда РФ.
Одним из успешно реализованных в 2021 году партнерских проектов, поддержанных Фондом Президента РФ, можно назвать грант «История г. Кемерово и его окрестностей с древнейших времен до начала XX века». Для его реализации были объедены усилия студентов, ученые КемГУ, ФИЦУУХ СО РАН, музеев-заповедников «Томская писаница», «Тюльберский городок» и администрации города Кемерово.